En marzo, la secuencia genómica número 1 millón del nuevo coronavirus vino de Chile; a fines de mayo, la 2 millonésima de México; en agosto, la 3 millonésima de Singapur; y en septiembre, el 4 millonésimo de la República del Congo.
En todo el mundo, los científicos han estado corriendo para rastrear la propagación del SARS-CoV-2, desde enero de 2020, antes de que tuviera un nombre. Lo han estado haciendo compartiendo información genómica importante entre sí casi en tiempo real, a través de una iniciativa de ciencia de datos global, GISAID. Ahora ha pasado un gran marcador, con más de 4 millones de secuencias genómicas, más que para cualquier otro patógeno.
Relacionado: India pronto lanzará una vacuna de ADN para el coronavirus. Es el último ejemplo de cómo COVID-19 está transformando las vacunas.
“Fue solo trabajo, trabajo y trabajo”, dijo Stephanie Goya, científica del Hospital Infantil Ricardo Gutiérrez en la capital de Argentina, Buenos Aires.
El hospital alberga uno de los principales laboratorios del país para la secuenciación, vigilancia y monitoreo de COVID-19.
Las secuencias genómicas proporcionan información crucial. Cada vez que un virus infecta a una persona, su código cambia muy levemente, como un pequeño error tipográfico o un rasguño en un automóvil. A veces, cambia de una manera más significativa. Estos detalles brindan a los científicos pistas importantes sobre los brotes, las variantes e incluso las vacunas y su efectividad.
Sin embargo, para entender lo que está sucediendo, incluso a nivel local, los investigadores necesitan datos rápidamente, de todos los rincones del mundo.
Relacionado: Avanzan las vacunas COVID-19 producidas en África
“Este era un virus nuevo, no hay ningún libro de texto sobre este virus, ¿verdad? Así que realmente confiamos en la red global «.
“Este era un virus nuevo, no hay ningún libro de texto sobre este virus, ¿verdad? Entonces, realmente confiamos en la red global ”, dijo Houriiya Tegally, investigadora de la Universidad de KwaZulu – Natal en Durban, Sudáfrica.
Los esfuerzos permitieron a Tegally y sus colegas comparar secuencias de virus de otros lugares y hacer un descubrimiento importante a fines del año pasado: la variante beta.
“Justo cuando estábamos haciendo nuestra secuenciación e informes semanales de rutina, comenzamos a ver algunas variaciones interesantes y preocupantes en los genomas que estamos viendo en una parte del país”, recordó.
El grupo intensificó su análisis y notó que más casos estaban relacionados con esta diferencia en el virus. Los científicos de otros lugares respondieron rápidamente, buscando rastros de esta variante, probando vacunas contra ella y ajustando los tratamientos.
“Estaba sucediendo justo frente a nuestros ojos, y el tipo de vigilancia que estábamos haciendo durante los últimos meses finalmente cumplía un gran propósito”, dijo.
En los últimos meses, esa red global de científicos que comparten información se ha expandido, y cada vez más laboratorios desarrollan este tipo de capacidad.
Relacionado: Moderna construirá una planta de fabricación en África
“Ha crecido mucho”, dijo Christian Happi, virólogo que dirige el Centro Africano de Excelencia para la Genómica de Enfermedades Infecciosas en la Universidad Redeemer en Nigeria.
El verano pasado, el grupo de Happi, con la Organización Mundial de la Salud y los Centros de África para el Control y la Prevención de Enfermedades, capacitó a 20 científicos, procedentes de Túnez, Somalia y Ruanda, sobre cómo realizar la secuenciación.
Happi estima que ahora, al menos la mitad de los países de África pueden realizar algún nivel de secuenciación genómica local. Es un marcado contraste con solo unos años antes durante el brote de ébola en África occidental, cuando solo su laboratorio pudo hacer esto. En cambio, los científicos tuvieron que enviar sus muestras a otro lugar, lo que puede crear retrasos críticos en la información.
Puede parecer contradictorio que todo el mundo esté tan dispuesto a compartir su investigación con otros en todo el mundo. Es un equilibrio delicado, dijo Happi. Él y otros científicos, especialmente en países de bajos ingresos, temen que sus esfuerzos puedan ser explotados y utilizados para fabricar vacunas sin ningún beneficio para sus comunidades.
«Desafortunadamente, también hemos visto la situación en la que las personas han aprovechado esos datos y han creado la solución, y se han negado a compartir la solución con quienes compartieron los datos».
«Desafortunadamente, también hemos visto la situación en la que las personas han aprovechado esos datos y han creado la solución, y se han negado a compartir la solución con aquellos que compartieron los datos», dijo Happi. «Y eso definitivamente va a revertir todo este principio de acceso e intercambio de datos abiertos».
Otras bases de datos genómicas globales incluyen las basadas en el Instituto Europeo de Bioinformática, el Banco de Datos de ADN de Japón y los Institutos Nacionales de Salud de los Estados Unidos. Fomentan el envío de datos sin procesar y secuenciados sin restricciones sobre cómo se utilizan.
GISAID, anfitrión de la plataforma más utilizada para secuencias genómicas, es una organización sin fines de lucro formada a través de un grupo prepandémico internacional para rastrear la gripe. Requiere que los científicos obtengan crédito por su trabajo si otros lo usan en su propia investigación. Eso es muy útil para investigadores como Francine Ntoumi, fundadora de la Fundación Congoleña para la Investigación Médica, cuyo laboratorio fue responsable del hito de secuenciación número 4 millones.
“Esto significa que participamos en el juego. Somos capaces de decir lo que circula. … Ya no eres un observador y creo que eso marca la diferencia «.
“Esto significa que participamos en el juego. Podemos decir lo que está circulando ”, dijo Ntoumi. «Ya no eres un observador y creo que eso marca la diferencia».
Después de mucho trabajo para construir la infraestructura y recaudar fondos, su grupo comenzó a organizarse en junio pasado. Ntoumi dijo que la información que han podido recopilar, como la constatación de que la variante delta más transmisible está presente, ha sido invaluable.
Le gustaría hacer aún más análisis, pero un desafío importante allí, como en otros países de bajos ingresos del mundo, es el acceso a las tecnologías. La cadena de suministro es muy limitada. Significa que todos los ingredientes necesarios para hacer las secuencias, por ejemplo, deben ser importados. Eso cuesta de tres a cuatro veces más en comparación con lo que costaría en Europa o Estados Unidos, dijo Ntoumi.
En comparación con las más de un millón de secuencias que lugares como el Reino Unido han compartido con el mundo, la secuenciación de unos pocos cientos de muestras en la República del Congo también puede parecer una gota en el agua. Sin embargo, Ntoumi y otros dicen que está llenando puntos ciegos cruciales para sus comunidades y el mundo.
La importancia de que un pequeño laboratorio en África central ayudó a alcanzar este hito global de 4 millones de secuencias, no se le escapa. Ella espera que el impulso continúe creciendo a nivel mundial a medida que los científicos se preparan para futuras variantes y virus.
“Estábamos muy felices, muy felices”, dijo Ntoumi. «Contribuyes con tu información a la ciencia global».
Fuente: pri.org